[すべての特色をプロセスカラーに変換]すると

http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?232141+002+3

問題点 （Issue）
[すべての特色をプロセスカラーに変換]を選択するとトンボと裁ち落としが墨版だけに出力されます。



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詳細 （Detail）
Adobe Illustrator CS3で、特色（スポットカラー）を含むファイルを出力します。そのとき、[すべての特色をプロセスカラーに変換]を選択するとトンボと裁ち落としが墨版だけに出力され、CMY版にはありません。



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解決方法 （Solution）
この問題を解決するには、以下の A. または B. いずれかの操作を行います。

A. プリントダイアログで個々の特色をプロセスカラーに変換します。

1. ファイルメニューからプリント...を選びます。
2. 色分解をクリックします。
3. 「インキオプション」のリストで、各カラー横の特色アイコン をクリックします。4 色分解プロセスアイコン が表示されます。特色に戻すには、もう一度クリックします。

B. スウォッチパネルで個々の特色をプロセスカラーに変換します。
1. スウォッチパネルで特色をダブルクリックします。
2. カラーモードを[CMYK]に変更します。
3. カラータイプを[プロセスカラー]に変更します。
4. OKボタンを押します。


で、これに似た問題がイラ8, 9でもあったな～。
RGBがファイルのどこかに含まれていたので、コマンドAでCMYKにしたらレジストレーションのトンボが墨1色に変わっていた。。。当然、出力してから気づいた。
10以降は修正されたけど、また再発か。